Depende, si tienes los permalinks de la siguiente forma: dominio/categoría/post, sí, porque el mismo artículo sería accesible desde dos urls. Para resolverlo, tendrías que usar el redirect 301, o el canonical (el canonical no me gusta porque si tienes un artículo en 2 categorías, estarías dividiendo los backlinks y comentarios en dos posts, aunque Google sepa que uno de tus posts es el bueno).
Si tienes los permalinks de tipo dominio/post, no hay problema, porque la url es única se acceda desde una categoría u otra. En lo personal, prefiero hacer esto, ya que te permite prescindir de las complicaciones de redirects o canonicals, no genera contenido duplicado, es más simple para el usuario, y permite indexar las categorías, que a mi me parece una muy buena oportunidad de posicionar keywords amplias.
Yo tuve tu mismo problema, y es la conclusión a la que llegué.
Creo que estás equivocado Totemizado.
A nivel de pequeños sitios yo desconozco cual será la operativa de Google en cuanto a la calificación de la duplicidad de contenido pero te puedo garantizar que nivel de grandes directorios no es ningún problema que un mismo contenido sea accesible desde dos, tres o incluso cincuenta url's diferentes.
Imagínate que tienes un directorio de vehículos. En el mismo tenemos categorizados los vehículos por marca y modelo, motor, características, etc... de tal forma que el item "bmw 320d" sea accesible en la categoría BMW, pero también en las categorías "vehículos diesel", "vehículos automáticos", "vehículos de cuatro puertas", etc...
Yo no puedo deshacerme de las rutas del tipo "dominio/categoría/post" y aplicar directamente redirect a "dominio/post" por muchísimas razones. Te voy a dar alguna:
En un gran sitio no solo existe un menú, normalmente existen cientos de menús diferentes aunque el usuario no los perciba como tal. De esa forma cuando el usuario accede a "BMW" - "Serie3" - "modelos diesel" - "320d" encontrará a su lateral un menú asociado con la ruta de acceso que ha usado. Si ha entrado al item "BMW 320d" por la categoría BMW entonces en el menú lateral se mostrarán otros resultados similares de la categoría BMW, sin embargo, si ha entrado al item por la categoría "Vehiculos diesel" - "de 4 puertas" - "De menos de 20.000 dólares" - "BMW 320d", entonces en el menú lateral se le mostrarán otros vehículos similares diesel, de cuatro puertas y menos de 20.000 dólares.
Otra razón por la que no se debe eliminar las categorías y las subcategorías de las url's es que hoy por hoy aún hay muchos usuarios que tienen la costumbre de acortar y manipular directamente las url's desde la barra de direcciones. Muchos usuarios que están en: "misitio.com/BMW/serie3/320d" para ver los vehículos de otra categoría directamente van a la URL y la acortan así: "misitio.com/BMW" o la manipulan así: "misitio.com/BMW/serie5". Todas esas URL's deben estar accesibles y además la ruta de navegación debe ser lo más clara posible para el usuario. Algo del tipo "misitio.com/320d" no sería una opción válida.
También suele ser habitual que un mismo item no sea exactamente el mismo dependiendo del origen del visitante. Eso obliga a duplicar los contenidos. Un usuario de Alemania entrará al item BMW 320d y verá el item con el precio de 25.000€ mientras que un usuario de USA accederá al mismo item pero con un precio de $30.000. Es el mismo artículo con ligeras modificaciones.
Ya te digo, a nivel de pequeños sitios no se como será pero te puedo garantizar que a nivel de grandes directorios es posible tener un mismo artículo en cincuenta o cien url's diferentes y eso no supone ninguna penalización.