No, no te ha desaparecido por eso.
Si el contenido es de tu propia web y lo marcas con hreflang para nada es contenido duplicado.
Tú mismo lo has dicho, en otra web no te ha pasado e hiciste lo mismo.
Eso que comentas le ha pasado a mil personas en este último update. Puedes verlo en twitter.
A mi, por ejemplo me ocurrió en una de mis mejores webs y precisamente desaparecieron las 3 urls que mas tráfico daban.
Al principio lo arreglé cambiando las urls de nombre y redireccionando la antigua a la nueva.
Me funcionó unos días hasta que volvieron a desaparecer. Así que, volví a dejarlo todo como estaba y de momento he recuperado una de esas tres, aunque sigue apareciendo y desapareciendo de vez en cuando.
Solo te queda esperar, yo lo que he hecho al ser solo 3 urls es crear 3 artículos nuevos de los mismos temas y ya esta empezando a posicionar, así que espero en unos meses recuperar posiciones aunque sea con los artículos nuevos.
Pero para nada es por usar hreflang. Si lo haces bien no pasa nada.
Aunque creo haberte leído que lo traduces a diferentes idiomas. Si vas a traducir un sitio con traductores sin saber el idioma, yo no lo haría en un sitio que me haya trabajado.
Un traductor no es perfecto y para tener una mierda de contenido que ni tenga sentido porque haga traducciones literales etc… Es mala idea según mi opinión, los sitios que traduzco yo pago a gente que conozca realmente el idioma.
Edito
Hoy encontré esto:
Y lo estoy probando, tanto el tema de los videos como el contenido, estoy probando a editar las paginas desaparecidas y hacerlas más cortas. Informaré si me funciona en unos días.