te paso lo mismo que me paso a mi... exactamente igual....
debes entrar por Putty, mirar quien ha modificado archivos en los ultimos dias, y te saldran las IP,s que han entrado en el servidor y han modificado algo.... logicamente, una de las ip,s sera tuya, pero si nadie mas ha entrado, ya sabes que el resto de ip,s son de la gente que entra a poner dichos codigas... con banearlas sera suficiente para que te deje de entrar....
y si te das cuenta, siempre van a la misma carpeta, al mismo directorio, que es el que tienes abierto mediante 777, y es por ello que te digo que lo pongas en 755, y de esta manera dichos codigos no seran grabados en tu servidor, porque el permiso de escritura solo lo tienes tu....
y me refiero a donde entra el FTP, es a que carpeta esta habilitado el FTP, tu te metes mediante Filezilla, y se te abre directamente a una carpeta.... ese directorio es el que tienes que mirar que permisos tiene... el directorio de entrada del FTP.
y ya a malas, desastivas el FTP con el putty, y tus problemas se acabaron, ya no entraran mas codigos maliciosos porque la puerta esta bloqueada...
como ves, tienes muchas posibilidades, lo que es seguro es que el problema es de la puerta de entrada del FTP, es seguro que los permisos en dicho directorio los tienes en 777, y es seguro que las ip,s que han entrado a ponerte dichos codigos las tienes guardadas para poder excluirlas....
elige la opcion y actua, porque sino tu foro se echara a perder y los usuarios no querran entrar....
y sino sabes como ver las ip,s que han entrado, y no sabes banearlas, o no sabes localizar qeu directorio esta en 777, no dudes en preguntar...
chao