si estas en un servidor compartido pueden ser muchas cosas. y mas sino esta protegido. en un vps en diciembre una vulnerabilidad similar (no tenia plugins) pero si la version desactualizada como dos versiones. analizando los logs del servidor pude ver que modifico otros blogs y lo peor de esto, no fue para "hackear" sino para hacer spamm silenciosamente. por cada visita que un usuario hacia esta persona coloco un iframe a modo de que en cada visita se abriera a un rand que esos rand tenian correos destinatarios.. (bastantes) cuando0 vine a ver penalizado ese vps de hotmail, yahoo, gmail. hay que tener cuidado con estos spammer la verdad
en este vps no tenia protegido el php obviamente no activo safemode porque dejan de funcionar paginas. pero si las funciones basicas que suelen usar se me olvido desactivarlas del php