Hola,
En mi opinión,
woocommerce es más fácil, se posiciona mejor, y es más parecido a un "blog", tiene miles de módulos gratuitos de gran calidad, wordpress, si tienes pocos productos te aconsejo sin ninguna duda que apuestes por woocommerce, menos de 100 productos...
Ejemplo tienda de manualidades
Lo lleva como si fuese un blog
Prestashop es más tienda, los módulos valen más dinero y está más pensado en tienda. Cómo tienda me gusta más, tiene muchas propiedades y bastante completo, también tienes módulos para acabar de completar lo que necesites de tu tienda. Para mi gusto es un poco lento y realiza muchas muchas querys al servidor (en las últimas versiones a mejorado bastante). La parte de administración es muy completa, y también más compleja claro.
Ejemplo tienda Nutricion deportiva
Opencart Si no lo conoces, es similar a prestashop, durante mucho tiempo me gustó mucho más que prestashop era mucho más rápido en las versiones anteriores a prestashop, hoy en día los veo similares, como cosa buena es que los módulos valen bastante menos que prestashop, aunque prestashop tiene muchos más módulos.
Ejemplo tienda nutrición deportiva
Ejemplo tienda lenceria erotica
Tambien tiene multitienda, aunque no está bien acabada por los desarrolladores,
La parte de administración es menos completa que prestashop y menos compleja, pero tiene todo lo que necesita una tienda.
Tanto en opencart como prestashop, puedes manejar muchos productos, subirlos desde xml, excel, etc o incluso actualizarlos via webservice, yo he manejado alguna tienda con 6000-7000 productos, y "van bien", incluso en servidores compartidos. Les pones algún plugin de caché para que no hagan tantas querys a la base de datos y listo.
Magento, sin duda para mi el más completo, pero necesitas servidores superiores ya que magento no se puede instalar en un share hosting cutre ni cosas así, sus requisitos son más completos, para mi tiene un acabado superior a los anteriores, pero necesita más dedicación e inversión.
Magento go, te permite utilizar una tienda tipo magento, ellos ponen la tienda el servidor, etc, tu contratas sus servicios, no es lo mismo, pero te vale para probar. (Este último no lo he probado)
Suerte con la tienda!