El tema de los anuncios adaptables en móviles tiene ya larga historia...
Efectivamente el rendimiento de los bloques adaptables es muy inferior a los bloques de 728 y 336 porque la mayor parte de las veces el sistema mete bloques de 300 aunque el dispositivo tenga mayor resolución y su competencia aún no es comparable a los bloques mayores.
Sin embargo, metiendo en móviles bloques de 728 y 336 corres grave riesgo de ser penalizada ya que aún hay muchos dispositivos que tienen resolución por debajo de 336. Y esto Google lo considera mala optimización para dispositivos móviles ( Google no hace excepción con sus anuncios ni con ningún elemento que tenga un tamaño mayor a 300px en formato móvil)
Yo antes tenía también los bloques de 728 en móviles ( es decir, sitio responsive, excepto el bloque) y ganaba cerca del triple de lo que gano ahora. Sin embargo mi calificación de optimización para móviles bajaba considerablemente en Google Insights y finalmente decidí cambiarlos por bloques responsive.
A mi personalmente la opción que mejor resultado me está dando en móviles es un único anuncio en la parte superior. El CTR no será mas alto por tener un solo bloque, será mas bajo. Pero a cambio subirá tu CPC ya que, cargando un solo bloque, éste siempre será el de mayor puja en subasta.
De todas formas mi caso no tiene porqué ser aplicable a todos los casos, para poder hacer un análisis más detallado habría que revisar el layout de tu sitio y esas cosas...