La mejor ubicación es la automática cada 250 palabras.
Si lo haces de forma manual tienes que respetar las reglas y una de ellas es que no puedes poner un anuncio demasiado arriba. La imagen de portada cuenta como unas 60 palabras, así que la quitas tu anuncio se iría hasta abajo del cuarto párrafo.
Afortunadamente no puedes hacer mucho en la incidencia del CTR que fue lo que dañó mucho el ecosistema de Adsense con la sobre-atención a los anuncios, clics ocultos, etcétera. En Audience Network el CTR está en función de cuantas personas le den clic al anuncio y no tanto a los clics accidentales que hacían que muchos en Adsense tuvieran adsense groseramente altos.
La única manera de incidir un poco en mejorar el CTR es mediante la creación de blogs de nicho con fanpages también de nicho, entre más viral o generalista sea un blog, el CTR será menor porque la relevancia de los anuncios será baja.