Hola iplanet. Coincido contigo, y creo que en parte la respuesta a esa interrogante está dada por el hecho que si agregas más anuncios a tu sitio (manteniendo los mismos bloques de adsense), el CTR por cada anuncio va a ser más bajo (hay más opciones para que el usuario haga click en la página).
Yo personalmente para tratar de solventar este asunto lo que hago es utilizar DFP, y allí mismo crear las campañas de anunciantes propios que llegue a conseguir y las mismas de Adsense.
*CREO*, y digo "creo" porque no puedo asegurarlo, que de esta forma si bien facilita en cierto modo manejar las campañas de adsense y propias de forma centralizada, además le estás dando una señal a Google como diciendo "mirá que también tengo otros anunciantes que están compitiendo por este lugar, conseguime buenos anunciantes o voy a mostrar los propios en lugar de Adsense"... me explico? No se si realmente sea así pero he leído en algún otro lado que usando DFP podrías llegar a mejorar tu CPC. Tiene un poco de sentido porque tú en DFP puedes especificar cuánto cobras a un anunciante, ej. CPM, por click, etc... y de esta forma este dato Google lo podría también considerar (siempre y cuando esté dentro de parámetros razonables) para mejorar los anuncios en tu sitio. Son más bien suposiciones que he elaborado en el correr de los meses/años pero creo que algo cierto puede haber.
Saludos!