Hola, por defecto Wordpress muestra las categorías que tienen post publicados.
Hay varias formas de lidiar con esto.
Te doy algunas ideas:
1.- Crear un widget personalizado donde listen las categorias que deseas lo puedes lograr con el siguiente script:
En este script se excluyen las categorías con ID 4 y 7.
PHP:
<?php
//Excluyendo las categorias con ID 4 y 7
wp_list_categories('exclude=4,7');
?>
2.- Si no tienes muchos conocimientos en programación instala el siguiente plugin:
Advanced Category Excluder – Su principal función es ocultar algunas categorías no deseadas de sitios específicos de tu blog. También permite aislarlas para dejarlas fuera de los resultados de búsqueda, del feed o de la portada. Algo muy útil cuando ciertas categorías son usadas con una función que no es precisamente clasificar información.
Descarga:
301 Moved Permanently
Saludos,