Se que mi respuesta no te será de mucha ayuda, pero creo que no tendrias que buscar una herramienta que te permita tener todo ordenado y en mente, ya que precisamente son herramientas estándares, sea cual sea, y por lo tanto no es que las mismas se amoldan a tu trabajo, sino que terminarás vos amoldándote a las mismas! Quizás dejes algo sin anotar, quitás le des más importancia a alguna cosa que a otra sin querer, quizás puedas encontrar una que te permita poner más o menos todo, pero a la vez sea muy lenta en cuanto a tener que cambiar/agregar/quitar datos periódicamente y ese tiempo, es tiempo que tienes que ahorrar porque si trabajas con 30 webs simultáneamente, tendrás poco tiempo!
Qué quiero decir? Si bien no es lo mejor, creo que tendrías que no solo buscar por tu propia cuenta, sino que además intentar usar varias herramientas donde en cada una pongas datos aislados pero que con solo leerlos te des cuenta de qué son! yo soy de usar mucho archivos de texto (.txt) ya que uso notepad++ ya que tiene algunos estilos, me permite trabajar con hojas y es más cómodo que el editor normal, pero tanto en esa herramienta como con excel y demás, tengo muchas cosas donde simplemente elijo un lugar de la hoja y pongo datos por poner, numeros aislados, enlaces aislados o lo que sea, total yo me entiendo y siempre tengo todo en mente! Por ejemplo, uno de los tantos .txt que tengo es sobre las cosas que hay que hacer en distintos períodos de tiempo! Día, semana y mes son mis principales metas! Para el día tengo que crear X cantidad de enlaces en Y sitios para Z sitios! En la semana no solo tengo que terminar con la creación de enlaces, sino que con cierta redacción o puesta a punto de un dominio, y mensualmente tengo que, por ejemplo, revisar estados de enlaces desautorizados, enlaces modificados, enlaces indexados (o no) y así muchas cosas más!
Espero haberte dado al menos una pequeña idea!