[MENTION=203518]jlmartir[/MENTION], a mí me pasó en una máquina con 2 Gb de RAM y un solo dominio y me costó localizarlo siendo bien sencillo, te doy unas pistas que probablemente te sirva para localizar el que causa el problema:
1. Normalmente el problema vendrá del dominio con más tráfico, aunque no necesariamente
2. Localiza si alguno de los dominios llega a tener un tiempo de respuesta exageradamente alto
3. Intenta localizar los dominios que concentran una mayor punta de tráfico a una hora determinada
4. Comprueba si el código de alguno de los sitios lee y escribe en la misma tabla para una misma consulta
5. Si puedes localizar a qué hora se sobrepasan los límites de RAM, consulta los logs del servidor y busca ahí qué está causando el problema
Lo más normal es que sea un problema en el diseño de las consultas a base de datos. Si en la misma tabla se ejecutan dos queries, una de lectura y otra de escritura, la de escritura tiene preferencia así que el servidor tiene que ejecutar con los recursos asignados todas las escrituras antes de empezar a leer. Eso sobrecarga la base de datos y provoca picos de RAM.
Otra posibilidad es que en alguna tabla no se hayan asignado correctamente indexes para hacer consultas en tablas grandes.
Espero haberte ayudado!