El problema de que se abran como Popup (nueva ventana por encima) en lugar de Popunder (nueva ventana o pestaña por debajo) es por las restricciones modernas de los navegadores (Chrome, Safari, Firefox), que bloquean el foco automático del window.focus()/window.blur().
Para hacer un Popunder personalizado que realmente funcione hoy en día en WordPress, las mejores opciones son:
Popunder JS nativo inyectado en el header/footer:
En lugar de buscar un plugin genérico, lo más directo es inyectar un script de Popunder actualizado mediante un plugin simple de scripts (como Header and Footer Scripts o mediante el functions.php). El truco que usan los scripts actuales es detectar el primer clic del usuario en cualquier parte de la pantalla (un evento click), abrir la URL en una nueva pestaña y devolver el foco a la página original.
Plugins específicos de Monetización / Ad Injection:
Ad Inserter Pro: Te permite definir bloques de código personalizados e inyectar scripts de popunder con control de frecuencia por cookies (para que solo le salte 1 vez al día al usuario y no sea intrusivo).
Popup Maker (con tweak de JS): La versión gratuita es para popups, pero si le agregas una regla de ejecución en el evento de clic con apertura en segundo plano, puedes simular el comportamiento.
Frecuencia por Cookies (Infaltable):
Asegúrate de que el script que uses guarde una cookie o localStorage. Si salta en cada clic o recarga, los navegadores lo detectan como comportamiento malicioso y automáticamente lo fuerzan a abrirse como Popup bloqueado por el navegador.