Puede afectarte, según como uses las etiquetas. Lo que suele ocurrir es que se usan mal, y muchas de ellas se aplican a un solo post y ya no se vuelven a utilizar, lo que genera contenido duplicado. Un ejemplo:
Si en un blog de historia hago un post sobre las cruzadas (por ejemplo) y lo etiqueto con: edad media, cruzadas, templarios, cristiandad, tierra santa, etc y ya no vuelvo a usar las etiquetas en ningún otro post, resulta que ahora tengo las siguientes URLs,
todas con el mismo contenido:
- El post
- miweb.com/tag/edadmedia/
- miweb.com/tag/cruzadas/
- miweb.com/tag/templarios/
- miweb.com/tag/cristiandad
- miweb.com/tag/tierrasanta
Eso es mucho contenido duplicado, y a Google no le va a gustar. Conclusión: utiliza las etiquetas de forma inteligente o no las indexes.
Saludos.