Si usas un plugin para hacer cache lo primero que tienes que hacer es limpiar la caché ya que veo que cuando entras al posts lo hace bien pero en las urls que aparecen en los relacionados de dicho posts terminan en .html
Verifica por el FTP que tengas puesto esto en el .htaccess
PHP:
# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ - [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>
# END WordPress
---------- Post agregado el 06-mar-2014 hora: 18:16 ----------
No importa lo que debe es funcionar, si esta todo bien, wordpress te hace un redireccionamiento desde el permalink anterior al nuevo y google indexará las nuevas url reemplazando las que ya estan gradualmente no de una vez.