Casi todos te datos diferentes. Uso MajesticSeo, porque te permite ver tus backlink sin muchos límites únicamente vinculando tu cuenta con la de Google Webmasters Tools.
Si tienes scrapebox puedes verificar los backlinks que tiene google indexados (igual son los que importan la mayoria de veces.) O puedes tambien descargar el Free Link Checker de Scrapebox, pero para esto debes tener el listado de paginas en donde dejaste tus backlinks
Para ver los propios backlinks, nada que mejor que Google Webmaster Tools. Las otras herramientas están bien, pero los datos son aproximados. De todas maneras, para "espiar" a la competencia no hay otro remedio que utilizarlas
Yo uso aHrefs o una que descubrí el otro día Open Link Profiler que me parece igual de buena o mejor que aHrefs y además es GRATIS, por si no sabéis manejarla aqui un tutorial: Analiza backlinks con Open Link Profiler Saludos.