Hola!
Pues depende de lo que quieras. Si vas a tener una tienda sencillita, igual te vale con Wordpress, pero si quieres tener una tienda "seria", entonces necesitas un CMS orientado al comercio electrónico, y Wordpress no lo es.
Mi consejo es que si vas a montar una tienda online en base al SEO como tu principal prioridad, te ahorres el esfuerzo. El SEO es una parte importante para que los clientes te conozcan, pero antes de eso está el tener un catálogo variado, una plataforma ágil y flexible, un entorno visualmente atractivo, ofrecer un buen servicio, tener una web que de confianza a los potenciales clientes... Cuando tengas todo eso ya te puedes centrar en el SEO. Sinceramente no se si WP es mejor que PS para el SEO, pero lo que sí se es que PS es muchísimo mejor que WP para una tienda online. Igual en PS te tienes que trabajar un poco la plantilla y los TPL para optimizarlo de cara al SEO (y dependerá mucho de qué theme uses), pero es que en WP te vas a tener que trabajar muuchas cosas más si quieres una tienda medianamente operativa.
Saludos!