Hola buen día.
Según mi experiencia en youtube cuando generaba ingresos, cuando te denunciaban un vídeo por copyright te pueden pagar.
Todo depende de cual network estes asociado, si estas con adsense directamente, te pagan con normalidad, pero hay networks que se aprovechan de la situación y no te paga.
Hay algunas networks que te quita el partner cuando tu canal recibe un strike por copyright y se quedan con todo lo generado del canal, sin importar que los demás vídeos hayas generado sin uso de material de terceros.