Yo pienso que depende de la antigüedad y el tipo de sitio web.
Si es una tienda virtual (e-commerce), por ejemplo, por supuesto que preferiría las 100 visitas con un 30% de conversiones. Pero si se trata de un blog, prefiero las 1000 visitas con un 3% de conversiones.
Esta es mi propia experiencia...
Uno de los blogs que visito y leo a menudo, lo estuve visitando por los últimos dos años y medio y nunca compre alguno de sus productos. Sin embargo, en ese sitio aprendi bastante cosas acerca del mercadeo por internet, etc. Ellos inteligentemente capturaron mi correo electronico y por mas de dos años me mantuve recibiendo sus articulos y boletines (aun los recibo). Pero fue recientemente que compre uno de sus productos. No solamente eso, en ocasiones les envió referidos y hago mencion del blog.
Por otra parte, también prefiero el de 1000 visitas, si se tratara de un blog, ya que pequeños cambios en el sitio (para hacerlo más rentable), incluso ofrecer un producto gratis para capturar emails y luego ofrecer otros productos, podrían aumentar considerablemente el número de conversiones.
Nuevamente, pienso que depende del sitio y de la antigüedad. Digo antigüedad ya tal vez el sitio de 100 visitas es nuevo en la web.