Hola!!
Creo que todo depende de qa qué te dedicas. Si vas a ser técnico de sistemas, entonces conocer sistemas UNIX/LINUX es fundamental. Si quieres dedicarte sólo a programación, pues depende de qué programes. Si lo que vas a hacer son programas para usuarios finales de Windows, lo mejor (obviamente) es tener Windows.
Mi consejo es que si no lo necesitas expresamente (por alguno de los motivos anteriores) trabajar en Windows te va a quitar complicaciones de en medio. Yo estudié la licenciatura en Informática en España, y como casi todos los estudiantes, pasé por una fase de despreciar Windows y usar sólo sistemas Linux. Incluso llegué a usar en casa como sistema principal el antiguo OS/2 de IBM, que algunos conoceréis. Ahora me he vuelto más práctico y trabajo en la misma plataforma que lo hacen mis clientes, y ésta es Windows.
Saludos!