Esto es pensando que utilizas 1 Servidor de hosting compartido de un proveedor.
Si es un Servidor VPS/Dedicado tuyo, da lo mismo tener los 100 sitios en 1 Cpanel (sigue siendo no recomendado por temas de seguridad) a tener 100 Cpanel's con 1 sitio.
Un ejemplo super claro:
Si te gusta
banahosting, sabras que en su primer plan de hosting, te dan 1.5 GB de RAM para tu cuenta Cpanel.
Si tienes 1 sitio, significa que repartes esos 1.5 GB de RAM en 1 sitio.
Si tienes 10 sitios, significa que entre 10 sitios, máximo pueden usar 1.5 GB de RAM.
Si tienes 20 sitios, significa que entre los 20, comparten solo 1.5 GB de RAM (si piensas que tu sitio usa 200 MB, ya estás en un deficit enorme, esto es pensando que tienes varios con trafico regular.
En cambio, si tienes 2 cuentas Cpanel para el ultimo caso, vuelves a tener 10 sitios compartiendo 1.5 GB de RAM, ya que dividiste los 20 sitios, en 10 por cuenta Cpanel. (teniendo 2 cuentas Cpanel, tienes 3 GB de RAM).
Saludos