Hola.
1 - Al hacer un redireccionamiento de la dirección X hacia Y, cualquier intento de acceso a la dirección X será automáticamente enviada a Y, sin importar si X existe físicamente o no. Podrías borrar la categoría sin problemas y seguiría funcionando la redirección igualmente.
2 - Al hacer un 301, el robot de Google entiende que el contenido de X pasa a estar ahora en Y, por lo que eliminará de su index la página X. Solo es cuestión de tiempo que desaparezca, no te preocupes.
3 - Si no vas a utilizar las categorías obviamente puedes eliminarlas del sitemap.
Ten en cuenta también que el tener los artículos categorizados en una tienda es un factor de posicionamiento SEO. Se consciente de esto para tu nueva estructura.
Espero haberte podido ayudar.