De plugins no estoy muy seguro como hacerlo, sin embargo en formato manual se me ocurre que ya que WP utiliza una BD MySQL, podrías hacer una copia de seguridad únicamente del contenido de la tabla wp_posts, wp_comments y todas las que consideres necesarias, luego, exportarlas a la instalación limpia existente y te debería de cargar todo. En el caso de los metadatos de Yoast, no estoy seguro si esos también se crear en una tabla y si es así, pues solamente es hacer copia de seguridad y exportarlos luego al nuevo sitio. Así, todo debería estar funcionando como si fuera una instalación limpia con los comentarios, publicaciones y configuraciones que te interesan.