Contacta con tu hosting por si te la está borrando el antivirus del servidor... Puede que detecte algo con virus o encriptado en base64, etc... Y puede que lo estén eliminado sin querer.
Sin duda revisa el log desde cpanel, tambien te recomiendo usar un tema hijo (child) para que asi cuando lleguen actualizaciones estas no dañen los estilos previamente creados.