Buenas, solo quiero dejar mi opinión...
Haber, realmente joomla es un sistema bueno, esta bien, pero a la hora de la verdad, es un sistema, con vulnerabilidades web hasta el punto, que yo no recomiendo en la medida de lo posible usarlo.
Dejo claro que no hace falta subir un archivo infectado, para hacerse con una web construida en joomla, ya que de por si el sistema carece de seguridad.
Es cierto que de entre los sistemas operativos que has comentado, tanto ubuntu como linux existe menos amenazas de virus, ubuntu por que es una "mierda" (Opinión personal) y los crakers no se entretienen en la medida de lo posible en hacer virus, y linux, algún virus habrá claro esta, pero de los tres es el más seguro y el mejor personalmente sin duda a la hora de manejar servidores.
Decir que windows es un buen sistema operativo, pero el problema rige en que es el mas extendido de los tres, esto hace que los "Crakers" o "Hackers de copa negra" generen más virus para este sistema, ya que el rango de expansión es muchísimo más amplio.
Pero tranquilo te puedo verificar yo, que no hace falta subir un archivo infectado a un servidor cuyo servidor este construido sobre un sistema prefabricado de joomla, ya que es joomla es vulnerable al 100%.
Un saludo y espero poder sacarte de dudas. :welcoming: