Solución para el software malintencionado en mi sitio web

Gente,

les consulto si alguno sabe que puede ser y como solucionarlo para que no vuelva a suceder lo siguiente:

Me esta sucediendo seguido en sitios que estan alojados en el mismo hosting que las herramientas para desarrolladores de google me avisa que en el codigo html de mi pagina tiene un Software malintencionado y hace referencia a <script src='http://inetrate.info/3'>
Se me agrega esa linea de codigo en todas las paginas html del site al final del codigo. Solo se agrega a las paginas html sueltas del site (aclaro esto ya que es un site donde el frontend esta hecho con html y luego tiene un apartado "blog" donde al ingresar lleva al site hecho en wordpress. Y sobre esas paginas de wordpress no pasa nada, no se infectan de nada. Solo las que estan fuera html.
La unica manera que tengo de sacarlo es pisar las paginas con un backup que no contenga esa linea de codigo y volver a pedir "revision" a google para que no la considere pagina sospechosa.
Lo raro que ya me paso con otros sites que tengo alojados en el mismo hosting (pero siempre igual, solo le pasa a las paginas sueltas html) y no a las que estan dentro de un wordpress.

¿que podra ser?
¿como hago para prevenirlo y que no vuelva a pasar?

Gracias por la ayuda ! pero realmente me preocupa porque al principio era una sola pagina , lo solucione y creia que no volveria a pasar, pero ya se me repitio con 3 sites distintos !!!

Saludos a todos y espero sus sugerencias !!

Tengo entendido que es un malware que agrega un iframe con diferentes direcciones y se quita nadamás borrándo esas línea, para evitarlo pues tendrías que tener cuidado con lo que subes al hosting, lo que ejecutas, muchas veces aunque sean plugins o scripts de empresas conocidas ya traen un malware que descubren hasta mucho después.

Saludos.