Los enlaces escondidos con la tecnica de cambiarlos al mismo color de fondo son penalizados por google. Los links en cuantos a posicionamiento da igual donde los coloques, google los lee igual. Ahora en cuanto a trafico o visibilidad lo mejor seria colocarlos cuanto mas arriba mejor, pero por estructura y de la pagina y demas motivos la mayoria los colocamos en el sidebar de los lados o bien el el footer. Ahora si tu colocas un hypervinculo con un anchor text con una palabra clave relativa al contenido que enlazas, en un articulo relevante de tu pagina, pues tendras un enlace bastante poderoso. Es mas, si ese enlace es una palabra clave que se repite un numero elevado de veces en esa pagina, entonces tendras un enlace muy muy poderoso.