Existen preguntas que deberias hacerte para seleccionar como trabajar.
¿Tengo tiempo?
¿Deseo hacer mi propio css de cuadricula?
¿Me interesa la velocidad de Carga del sitio?
y existen mas preguntas pero respondiendo a las pocas que te hice
R1: Si tenes tiempo yo recomiendo hacer tu propio CSS tus cuadriculas y todo, si no tenes tiempo te simplifica mucho boostrap, tanto las cuadriculas como forms, menus , etc. practicamente es "copy paste"
R2: Esta relacionada con la primera yo siempre estuve con ganas de hacer mi propia cuadricula, pero por tiempo no la hago, y es que tener que testear en todos los navegadores y verificar todo al igual que resoluciones, es mucho tiempo, aunque hacer lo propio siempre te da mucha mas libertad.
R3: El boostrap tiene mucha "basura" y le digo asi porque por lo menos yo del boostrap, uso lo mencionado anterior, cuadricula, forms, menus, botones, y 2 cosas mas como mucho.
Si es una web propia muy personalizada recomiendo no usar boostrap.
Si es para un cliente sin muchas necesidades, usa boostrap. Te ayuda y mucho.