Hay muchas formas de proteger los archivos. Probablemente los estás subiendo con el mismo md5 que en otros sitios y cuando realizan borrados masivos te borran los tuyos aunque no sean los que denuncian directamente. Hay muchas formas de cambiar md5.
Asimismo, si tu web ya está muy fichada y caen los enlaces directamente de la tuya, prueba a protegerlos mediante encriptación o simplemente con algunos de los muchos servicios que ocultan la url y redirigen.
PD: Así todo, los enlaces tienden a morir, aunque hay filehost que los mantienen más tiempo que otros. Es cuestión de ir mirando. Espero haberte ayudado. Saludos!