Que hicimos nosotros:
1. Colocar toda la base de datos, tablas y columnas en collation utf8_unicode_ci, para que a la hora de las consultas con UNION o JOIN no tuviese que el Apache hacer conversión de caracteres antes de procesar los datos.
2. Vaciamos la tabla tblmodulelog y tblactivitylog la restringimos sólo a 100 registros desde las configuraciones del WHMCS
3. Aumentamos la CPU y RAM de nuestro VPS
Esto funcionó perfecto con nosotros