Exacto. Tal y como dice Duditas, si pones los archivos de Wordpress y vBulletin en el mismo directorio, algo no va a funcionar, porque seguro que tienen archivos con los mismos nombres. Aunque sólo sea index.php, así que no es buena idea. De todos modos, aún pudiendo, no mezclaría las cosas, pues Wordpress es un blog y vBulletin un foro, son cosas distintas y, en mi opinión, está bien que se diferencie. Por ejemplo, yo en la raíz tengo la portada (el CMS de vB), y luego, cada sección en su respectivo directorio: blogs, foro, wiki, galería, etc... cada cosa en su sitio.
De todos modos, me suena que hay hacks para unir Wordpress y vBulletin y supongo que tal vez ofrezcan lo que buscas. Otra posible opción sería modificar el archivo .htaccess, aunque aquí poco más puedo decir pues no soy ningún experto en ese archivo (todo lo que podría decirte es lo mismo que Google 🙂 ). O si además de vB has comprado vBSEO, también puedes añadir tus reglas personalizadas para htaccess.
Pero vamos, resumiendo: yo dejaría Wordpress en la raíz, vBulletin en foro/ y los uniría con el hack existente para ello.
Un saludo!