Yo quitaría el popup y situaría bien el banner de 234x60, en webs de descargas es un banner que saca un buen ctr y convierte bien.
Yo suelo centrarme en dar realismo a la web, si colocas más de un banner ya canta que es publicidad y si añades popups ya ni te digo. Tuve una web de descargas y usando solo un banner 234x60 obtuve ctr de 15% y una tasa de conversión de 15-20%