El CTR, sí afecta al CPC. En realidad es un principio básico del funcionamiento de las Campañas de 'Redes de Display' de Adwords (aka. Adsense).
¿Cómo está eso? Los anuncios que se imprimen en una página son los que tienen pujas más altas por tipo de oferta (véase CPC, CPM, CPI, etc.), es decir, entre más anuncios se impriman la tendencia de la ofertas siempre será a la baja (es una relación entre la cantidad de clics y un lapso de tiempo concreto). Es difícil darte cuenta de este principio si no manejas cantidades considerables de tráfico, digamos, si tú tienes mil visitas diarias nunca te vas a enterar de la fluctuación, sin embargo en páginas grandes existe un famoso "punto de inflexión" que cada cierto número de impresiones los ingresos empiezan a bajar. Si mal no recuerdo Carlos Bravo de Marketing de Guerrilla lo explicó muy a fondo hace algunos meses, y menciona que el número mágico son las 100 mil impresiones diarias en sitios con temática genérica como lo son los periódicos o webs que generan contenido (o sea blogs).
También por algoritmo Google busca distribuir de forma equitativa las ganancias a los editores de los sitios asociados (imagina qué locura sería si no fuera así). Es por eso que una web con CTR 10 ó 15 nunca va a tener el CPC igual a otra con 2, claro, compartiendo la misma temática y tráfico similar.
El único caso donde no afecta el CTR alto es que tengas temáticas de gran densidad de anunciantes y competencia feroz en las pujas, pero acá le daría la razón a mi primer comentario: importa más la temática que el CTR en sí.
¿Cómo sé esto? Yo soy anunciante en Adwords 🙂
Saludos