Para criar arquivos EPUB que cumpram os padrões de validação do Apple Books e da Kobo, o ideal é evitar editores visuais automáticos como o Calibre para a edição final. A maioria dos profissionais usa o Sigil ou o Adobe InDesign para ter controle total sobre o código HTML e CSS.
É fundamental que o arquivo passe corretamente pelo validador EPUBCheck. Se o erro persistir, verifique se o seu arquivo tem um arquivo package.opf bem estruturado, se os caminhos das imagens são relativos e se não existem estilos CSS incompatíveis ou scripts embutidos que as plataformas rejeitem por segurança.
Se você procura um guia detalhado sobre como estruturar seus arquivos para cumprir as normas de publicação, recomendo consultar a documentação oficial dos portais de autores do Apple Books e do Kobo Writing Life, onde especificam os requisitos técnicos exatos.