Qual SSL é melhor, Comodo ou Let's Encrypt??

Te va a ir bien con cualquier opción. ¿Qué tipo de sitio web tienes? A menos que manejes un volumen muy alto de transacciones y mucho dinero, con esos gratuitos te será más que suficiente. Como ya hablaron a morir en este tema, no hay casi diferencia entre uno y el otro.

Ninguno de los dos interfieren con el SEO lo que si te digo es que aveces traae problemas con algunos plugin, pero a mi me gusta mas Let's Encrypt.