Bueno, yo solo puedo hablar desde mi experiencia. Cuando me ha sucedido algo asi, siempre ha tenido que ver algun problema de rastreo.
Fijate que todo este bien y andando en el robots.txt y todo lo que respecte al rastreo de Googlebot y el bot de adsense. Echale un vistazo a todo lo que te pueda mostrar el Google Webmasters - siempre hay algo que llama la atencion.
A mi la ultima vez que me paso esto, fue por un dia, que no me indexó Google ni mostraba publis adsense.
Me fije en mi robots, cambie un par de cosas que lucian raras, y cambie la velocidad de rastreo de google. Luego todo volvio a la normalidad con dichos posts.
El contenido duplicado no afecta a Adsense. Si a Google com buscador, pero a Adsense no le interesa. O es que el bot de adsense no visito, o hay algo que está interfiriendo del lado tecnico tuyo, o quizá algunas stopwords o poison words (dudo).
Suerte