Instala un panel de control desde ssh si no lo tienes, como webmin o vestacp que son gratis, asi puedes subir tus paginas y manejarlas desde el VPS, asi das de alta los dominios que quieras que esten en tu VPS, o lo mas facil si tienes cloudflare en tu dominio y ya tienes tu panel de control en tu VPS y ya esta dado de alta tu dominio en tu panel, solo entra a cloudflare y entra al dominio que vas a redirigir al nuevo VPS, en los DNS del dominio en cloudflare te debe salir una IP esa cambiala por la IP del nuevo VPS, con eso ya estara redirigido tu dominio al tu nuevo VPS, no se si me explique bien pero la parte de cloudflare es la mas facil para configurar tu dominio en tu VPS.