1- Comprueba los user-agent que usan los bots que te están "atacando".
2- Comprueba los headers de las peticiones de los user-agent que te están "atacando".
3- Comprueba si varían las IPs o si es sólo una misma IP la que está haciendo scrapping.
Todo esto puedes verlo en el log de Apache. Una vez tengas datos, puedes actuar en consecuencia, por ejemplo:
- Bloquear el user agent del scrapper (suponiendo que tiene un nombre de user agent poco usual)
- Bloquear la IP del scrapper
- Bloquear algún header que use el scrapper pero con cuidado vaya que bloquees a otras personas sin querer.
Y por último puedes intentar cambiar algunas cosas del HTML y CSS si es que obtienen de esta forma los datos (tendría que mirar los logs para decírtelo), pero si obtienen los datos de por ejemplo un JSON que tu propio servidor elabora tienes poco que hacer.
Un saludo.