Si vas a dejar el .es como dominio primario solo necesitas re-direccionar desde tu servidor el .com al .es o también lo puedes hacer por medio del archivo .htaccess Ejemplo: Debes escribir dentro del archivo .htaccess del dominio .com lo siguiente…
RedirectMatch 301 ^(.*)$ http://www.dominio.es/
(Justo como está) y cambiando (dominio) por tu .es
• Al re-direccionar el .com al .es pasará la autoridad que tenga el .com al otro, es decir, que no es necesario hacer más nada desde las herramientas para webmasters de Google, ya los buscadores detectarán la acción (301).
Observación: Es mejor re-direccionar directamente desde tu servidor, ya que para editar el archivo .htaccess del .com, deberás tener un alojamiento web apuntando al .com ¡Algo innecesario ya que estará re-direccionado al .es!
(Si necesitas alguna aclaración, estoy a tu disposición) Suerte y un saludo.