Acá tu respuesta es depende de tus requerimientos.
¿Ves temas de logística? ¿Fabrican el producto? ¿Es dropshipping? ¿Requieres un ERP? ¿Deseas integración con un sistema post-venta?.
Si tiene un catálogo fijo y no tienes mucho presupuesto: WooCommerce + plugins de pago (payments). Eso sí, te toca optimizar e implementar el diseño de la página.
Costo de desarrolladores: accesible
Igual, si tienes un catálogo básico/medio y tienes presupuesto: Shopify.
Costo de desarrolladores: media a alta
Costo de plataforma mensual: plan básico 29 usd.
Costo de apps (plugins): varios
Costo de plantillas (themes): Dese 45 usd (themeforest) y la tienda oficial dese 120 usd.
También tienes Magento, que si bien es un mostruo. La curva de aprendizaje, si bien es mayor, es buenísimo a la larga.
Costo de plataforma: gratis
Costo de desarrolladores: media a alta
Costo de plantillas: Desde 50 usd (busca bien, por que algunas son una mierdillas)
No incluyo Prestashop, porque no lo uso.
Espero te sirva, un saludo.