se que hace tiempo que publicaste, pero acabo de ver el post buscando otro tema, Seo ultimate tiene mayores recursos y opciones. Eso sí, para lo fundamental (capar páginas duplicadas, crear metas y modificar títulos, etc.) los dos lo tiene. Es cuestión de cuánto quieras profundizar, ultimate te deja cambiar hasta htaccess, te da consejos de palabras clave o whitepappers que son consejos de nuevos cambios en google.
Particularmente uso los dos (en blogs diferentes para probar) y el all-in-one me parece más sencillo y me funciona bien, pero lo dicho, es cuestión de gustos y hasta dónde quieras llevar tu depuración del seo interno.