Configurar segundo dominio correctamente

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Épsilon
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Saludos.

He comprado un segundo dominio en GoDaddy. El primero está asociado a la raíz del hosting que tengo (por que no queda más remedio). El segundo, a su correspondiente carpeta. Hasta aquí sin problemas.

El problema está en que no quiero que el contenido del segundo dominio sea visible desde el primero. Me explico. Si pongo por ejemplo:

http://primer-dominio.com/nombre-carpeta-del-segundo-dominio

se ve el contenido igual que si escribiera http://segundo-dominio.com

¿Se puede evitar esto de alguna manera?, por que claro, supongo que además al ser accesible desde el primer dominio, Google me lo indexará por duplicado ¿no?

Un Saludo y gracias de antemano.
 
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