AWS ofrece todos los servicios en la nube, Lightsail está dentro de su paquete, en ejemplo, es como si dijeras "cual es la diferencia entre office y excel"
Imagino que preguntas sobre las instancias de EC2
Aunque si bien son lo mismo, EC2 es un servicio elástico (como su nombre lo indica), puedes escalar rápidamente, configurar aplicaciones básicas a complejas con diferentes arquitecturas de manera super flexible y rápida. Pagas lo que consumes y tus costos pueden elevarse demasiado (y es muy muy caro)
Lightsail es principalmente para el alojamiento web con servidores privados virtuales (VPS) a un costo menor (Incluso hay paquetes desde 3,5$ al mes y cosas así). Configuración básica e interfaz simple.