Primero tienes que fijarte que las fechas de Search Console y Analytics coincidan exactamente. Trata de hacerlo con una fecha pasada de comparación ya que GA tiene un retardo de más de 24hs en los datos que muestra.
Por otro lado estás filtrando algo en Analytics? y recuerda mirar los usuarios y no las sesiones.
No te olvides en GA de aplicar un segmento de únicamente tráfico orgánico, si estás viendo más visitas quizá se deba a tráfico directo, social, refferal, etc.