Créete a Analytics. Search console solo sirve para analizar cómo está tu web en Google y las interacciones que tiene.
Analytics funciona en base a su script que colocas en tu código. Puede darse que el usuario hace click en google, pero luego cierra la web antes de que cargue el script. En tu caso puede que se hagan 100 clicks, pero solo 80 se queden en la web el tiempo suficiente para que corra el script y envíe la información a Analytics.
Otro caso podría ser que no tengas el script de Analytics en todos los enlaces que tienes indexados en Google.
Me sumo a la pregunta, segun mi criterio analytics tiene detalles mas avanzados de las visitas procedencia de trafico, etc lo que no tiene search console
Primero tienes que fijarte que las fechas de Search Console y Analytics coincidan exactamente. Trata de hacerlo con una fecha pasada de comparación ya que GA tiene un retardo de más de 24hs en los datos que muestra.
Por otro lado estás filtrando algo en Analytics? y recuerda mirar los usuarios y no las sesiones.
No te olvides en GA de aplicar un segmento de únicamente tráfico orgánico, si estás viendo más visitas quizá se deba a tráfico directo, social, refferal, etc.