Hay mucha info al respecto, yo rescato los siguientes consejos (no son determinantes, por supuesto).
Primero pensar que los anuncios mayores llaman más la atención y generan más ganancias que los pequeños.
Los anuncios arriba a la izquierda son los que primero se ven.
Los anuncios colocados de tal forma que sean visibles al entrar en la página, sin hacer scroll son más rentables.
Situarlos lo más cerca posible del texto de los artículos pero sin invadir, porque esto a la larga es contraproducente.
Tratar de integrar los anuncios a los bloques de texto sin ser demasiado agresivos con la publicidad.
Saludos