No deberías preocuparte
Precisamente google deja claro que los enlaces nofollow evitan que se transfiera pagerank y peso a tu web, pero que también evitan ese tipo de situaciones en los que, por un mal diseño (sobrecarga de tags y categorías, bloques de sitewide, etc...), una web proporciona una cantidad enorme de enlaces a tu página y estos enlaces no se traducen en visitas (porque si te llegasen visitas por ahí, google no diría nada).
El problema viene porque, aunque google no considere que esos enlaces te pasan valor y que, por lo tanto, no intentas manipular los serps con ellos, si que pueden incrementar el ratio de backlinks follow/no follow y, sobre todo, alterar los porcentajes de anchor text así que, como consejo, me preocuparía si todos los anchors de los enlaces sean por una palabra clave concreta y no por tu nombre de marca... en caso de palabra clave, yo utilizaría el disavow tool.
Ya me gustaría darte una opinión más corta y clara.