Yo uso Aegisub es muy bueno, rápido y amigable.
También la opción "Caption" de camtasia te sirve, para ir editándolo y pegándolo directamente sobre el video. Eso sí no lo recomiendo si el video es muy largo o en HD (o mejor dicho el Sub con mucho texto) ya que se puede pegar. Bueno a mi me ha pasado :grumpy: