El CTR global de un sitio, que se corresponde con la suma de los CTR's parciales de cada anuncio, tiende a permanecer invariable independientemente del número de bloques del sitio.
Es decir, si tu sitio tiene 3 bloques de anuncio y al final del día recibes una media de 12 clics repartidos a razón de 4 clics por bloque, al eliminar uno de los bloques no pierdes los clics sino que se repartirán en los bloques restantes. Al dejar dos bloques seguirás recibiendo 12 clics, pero esta vez a razón de 6 clics por bloque.
Esta regla no es exacta, depende de muchos factores y en la práctica siempre se pierde algún clic, pero por lo general se acerca bastante a la realidad y económicamente sale rentable compensar la pérdida de CTR por el aumento del CPC. Es por este motivo que siempre interesa eliminar del sitio los bloques con menor CPC, para conseguir desviar parte de su CTR a bloques con mejor rendimiento.
Eliminados los bloques verás que diariamente ya no tienes 12 clics, tendrás 9 o 10, pero al ser de un CPC mayor tendrás mejores ingresos.