Vaya lio se ha montado... vamos por partes el objetivo es no tener contenido duplicado. Partiendo de aqui, que es lo que google puede tomar como contenido duplicado? (sacando de HTML suggestions de google webmasters):
1) Etiquetas de título
2) Metadescripciones
A mallores se puede decir que si el contenido del cuerpo de un post es el mismo aun cambiando titulo y metadescripcion, se considera contenido duplicado.
Lo que tienes que hacer es usar un plugin de SEO (supongo que usas wordpress, yo te recomiendo el wordpress seo de yoast) y configura titulos y metadescripciones para que sean diferentes en los tags, archivos, categorias y busquedas, etc... (ademas de probar ese consejo que te han dado de jugar con mostrar el excerpt o todo el contenido del post) de esta forma no tendras contenido duplicado nunca.
Aplicando lo anterior de forma correcta se puede responder a tu pregunta: "es malo que google me indexee los tags?"
No, no es malo, es sencillamente lo mejor que te podia pasar, que te indexe un mayor volumen de paginas. Obviamente es bueno (pero has de evitar el contenido duplicado todo lo que te sea posible).
Espero que esto te haya aclarado definitivamente tus dudas.
Saludos.