Yo creo que:
1. Los botones grandes del principio alejan al lector de la publicidad. Si bien es un buen sistema para bajar el porcentaje de rebote no te beneficia en los clicks a Adsense, bajando así el CTR.
2. Se dice que el banner de 468x60 es el que menos rinde. Yo tuve uno puesto de telescopios y tampoco nunca me rindió.
3. Los dos cuadrados alineados rendirían mejor, según la práctica de las mayorías, que el primero sea gráfico y el segundo de texto, con los colores integrados en el entorno.
4. El texto del contenido se ve muy pequeño en comparación con el blog, está sin una proporción adecuada. Podrías poner el texto un poco más grande y el blog un poco más pequeño (anchura 970 px), además de que el contenido sea más largo.
Pero si te digo la verdad, estuve en un programa de afiliación de venta de telescopios que no pagaba por click, si no por ventas. Tuve un CTR del 1,25% pero luego clar, no hubo ventas porque los usuarios lo miraban y si lo querían se iban a la tienda. Luego puse simply.com y tuve un CTR de un 0,20%, pero que llegó a casi al 0,80% en según qué campañas. Y desde que he puesto Adsense, hace nada, 600 visitas y 0 clicks. No entiendo nada. He bajado el porcentaje de rebote pero he perdido todo el CTR que tenía de las anteriores compañías, así que tendré que hacer "pruebas" con Adsense. Incluso el banner de 728x90 que he querido poner tal y como hacen en guardian.co.uk o en physorg.com no está rindiendo nada de nada. Pero rendirá, mi objetivo es llegar almenos al 2% del CTR.
Saludos!
Edito: he visto que los botones grandes centrales no van a secciones de tu web, así que no bajan el rebote. Y lo que es peor, hacen que el usuario que entra, salga.